Program Studi Magister Kesehatan Lingkungan (PS MKL) didirikan berdasarakan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 81/DIKTI/Kep/2001. Penyelenggaraan pendidikan mahasiswa dimulai bulan Agustus tahun 2001. PS MKL telah memperoleh akreditasi “A Sangat Baik/Excellent” yang diterbitkan oleh Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (Perkumpulan LAM–PTKes) pada tahun 2018 sesuai dengan Surat Keputusan Nomor 0361/LAM-PTKes/Akr/Mag/V/2018 Tentang Status, Nilai, dan Peringkat Akreditasi.
Dengan semakin berkembangnya PS-MKL, pada saat ini telah dibuka tiga konsentrasi, yaitu Konsentrasi Kesehatan Lingkungan dan Konsentrasi Kesehatan Lingkungan Industri berdasarkan Surat Keputusan Direktur Pascasarjana No 1245/UN7.4/SK/2011 untuk konsentrasi Kesehatan Lingkungan Industri; SK Dir No 780/UN7.4/SK/2011 tentang Konsentrasi Kesehatan Lingkungan dan SK No 779/UN7.4/SK/2011 tentang Konsentrasi Manajemen Kesehatan Lingkungan.
Dalam perkembangannya, Magister Kesehatan Lingkungan juga mulai membuka kelas internasional dengan menerima 2 (dua) mahasiswa S2 dari Libya dan 1 (satu) tahun 2010 mahasiswa S2 dari Timor Leste pada tahun 2013, 2 mahasiswa Libya tahun 2017 pada S2 Kesehatan Lingkungan dan Promosi Kesehatan.
Mulai tahun akademik 2020-sekarang, PS MKL FKM UNDIP mengembangkan program pendidikan menjadi dua (2) yaitu by Course dan by Research.
Program Studi Magister Kesehatan Lingkungan (MKL) telah berjalan selama 21 tahun, saat ini mempunyai 6 dosen homebase dengan kualifikasi Doktor. Prodi MKL pertama kali menerima mahasiswa pada tahun 2001. Sampai saat ini (2022), Prodi MKL telah menerima mahasiswa angkatan ke-21 dengan animo peminat yang terus menunjukkan peningkatan. Proses pembelajaran dan pembimbingan telah dijalankan dengan menjaga kualitas lulusan dan pada tahun 2003/2004 telah mulai melulusaan mahasiswa untuk pertama kalinya. Sampai tahun 2022, jumlah mahasiswa aktif sebanyak 39 mahasiswa dan telah meluluskan sebanyak 498 alumni.